目前常见的冷库多采用氨制冷系统或者氟里昂制冷系统。
作为制冷工质，氨通常应用于较大的制冷系统；氟里昂用较小的制冷系统。所以，我们常见的小型制冷装置如冰箱、空调、小冷库等一般是氟系统；大型的制冷装置如大型冷库、大型冷冻站、大型制冰设施等为氨系统。
对于冷库来说，采用何种系统没有一定之规，通常容量超过300吨建议采用氨系统，低于300吨建议采用氟系统。但这不是一成不变的，要根据具体情况确定。总的来说，氨系统相对复杂，初期投资高于氟里昂系统，但运行成本相对低于氟里昂系统。氨有毒，所以不提倡在人口稠密的居民区使用。氟里昂能对地球臭氧层的破坏，世界各国根据《蒙特利尔协议》，正在采取措施减少或禁止使用。我国也是协议签字国，目前已开始限制氟里昂的使用，并将最终彻底禁止其使用。